Au titre de ses missions définies dans le décret n° 2011-607 du 30 mai 2011, le CTE intervient, en liaison avec les ministères ou entités gouvernementales concernés, ainsi qu’en concertation avec le Gouverneur pour la France auprès de l’AIEA, dans la mise en œuvre :

►          des contrôles internationaux sur les matières nucléaires opérés en France par les inspecteurs de la Commission européenne au titre du chapitre VII du Traité Euratom (Contrôle de sécurité Euratom) ;

►         des contrôles internationaux sur les matières nucléaires opérés en France par les inspecteurs de l’AIEA au titre de l'Accord entre la France, Euratom et l'AIEA relatif à l'application de garanties en France, signé à Vienne le 22 septembre 1998 (INFCIRC/290) ou au titre de l’Accord entre la France, Euratom et l'AIEA relatif à l’application de garanties dans le cadre du traité de Tlatelolco (INFCIRC/718) ;

►          des obligations, notamment déclaratives, issues du Protocole additionnel à l’Accord de garanties conclu par la France avec l’AIEA et Euratom (INFCIRC/290 Add.1) et pouvant donner lieu à un « accès complémentaire » de l’Agence sur le territoire français, le CTE étant aux termes du décret n°2018-885 du 12 octobre 2018 pris pour l’application de la loi n°2016-113 du 5 février 2016, aussi l’autorité administrative chargée du suivi de la mise en œuvre par la France du Protocole additionnel à son accord de garanties ;

►        des engagements souscrits dans le cadre des accords de coopération dans le domaine des usages pacifiques de l’énergie nucléaire conclus par la France ou par la communauté Euratom avec des États tiers (Australie, Canada, États-Unis, Japon,…) et portant sur la fourniture de matières, d'équipements ou de technologies nucléaires.

Concrètement, le CTE centralise et organise les déclarations dues à la Commission européenne et à l’AIEA. Il accompagne de nombreuses inspections internationales et négocie les modalités d’application du contrôle dans les installations françaises. Dans toutes ces missions, il s’assure du respect des engagements pris par la France en matière de non-prolifération et d’utilisation pacifique des matières nucléaires. Il conseille en la matière à la fois les Autorités françaises et les exploitants. 

Il bénéficie de l’appui technique de l’IRSN/PDS/DEND (Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire / Direction de l'expertise nucléaire de défense).