Les institutions établies pour la Communauté européenne de l’énergie atomique sont partagées avec celles de l’Union européenne. Même si l’exercice de leurs fonctions peut être différent selon la base légale considérée (traité Euratom ou traité sur le fonctionnement de l’UE, TFUE), il n’existe donc qu’une seule et unique Commission, un seul Conseil de l’Union européenne et un seul Parlement européen.

La Commission européenne​

Gardienne des traités, la Commission européenne veille à la mise en œuvre des textes adoptés par le Conseil et peut recourir à la voie contentieuse devant la Cour de justice pour faire appliquer le droit communautaire. Elle est composée de 27 commissaires européens (un par État membre), chacun d'entre eux se voyant attribuer un portefeuille de missions spécifique. Si la Commission prend ses décisions à la majorité simple de ses membres, elle est cependant responsable collégialement devant le Parlement européen. La Commission dispose, pour l'assister, d'une administration, composée de 36 directions générales (DG) et services, dont le siège est réparti principalement entre Bruxelles et Luxembourg.

La Commission dispose du droit d'initiative dans le domaine législatif: elle formule notamment des propositions de règlements, de directives, de programmes communautaires, qui sont ensuite transmises au Conseil et au Parlement européen. Organe de gestion, la Commission exécute ensuite les décisions prises par le Conseil. Ainsi, elle assume la mise en œuvre des politiques communes et gère les programmes communautaires, notamment le programme cadre de recherche et développement (PCRD). La Commission peut, en outre, formuler des recommandations et des avis dans le cadre des politiques de la Communauté. Sur le plan extérieur​, la Commission peut négocier, sur autorisation du Conseil, des accords internationaux avec des États tiers ou des organisations internationales.

​Le Conseil de l’Union européenne

Le Conseil de l'Union européenne (ou Conseil des ministres) est, avec le Parlement européen, le principal organe de décision d’Euratom. Il représente les États membres et un ministre issu de chaque gouvernement national participe à ses réunions selon le dossier abordé. Ces dossiers sont préalablement discutés et préparés dans des groupes de travail plus techniques.

La Représentation permanente de la France y porte la voix française, en étroite collaboration avec les ministères concernés, le SGAE (Secrétariat général des affaires européennes) et le CTE qui prépare la position française.

Le Conseil dispose du pouvoir législatif et du pouvoir budgétaire (qu'il partage avec le Parlement européen pour les activités relevant de l’UE): il arrête les actes juridiques formels (règlements, directives, décisions) et les accords internationaux négociés au préalable par la Commission.  Dans la grande majorité des cas, le Conseil décide sur proposition de la Commission européenne et en association avec le Parlement européen, par une procédure de consultation lorsque les textes considérés sont adoptés sous la base juridique du traité Euratom.

La Présidence du Conseil joue un rôle primordial dans l'organisation des travaux de l'institution, notamment dans l'impulsion du processus de décision législatif et politique. Elle est chargée d'organiser et de présider l'ensemble des réunions, ainsi que d'élaborer des compromis susceptibles de résoudre les problèmes.  Chaque pays exerce la Présidence à tour de rôle, pour une période de 6 mois.

Le Parlement européen

​L​e Parlement européen, dont les 705 députés sont élus tous les cinq ans au suffrage universel, participe, avec le Conseil de l’UE, au processus législatif. Le Parlement exerce ainsi trois principaux pouvoirs : un pouvoir législatif, un pouvoir budgétaire et un pouvoir de contrôle.

►         Pouvoir législatif : le Parlement européen partage avec le Conseil la fonction législative, c'est-à-dire l'adoption des lois européennes (directives, règlements, décisions) proposées par la Commission.

►         Pouvoir budgétaire : préparé par la Commission, le budget est ensuite discuté par le Conseil et le Parlement. Pour le budget de l’UE, le Parlement peut imposer des amendements au Conseil pour des dépenses non obligatoires et arrête définitivement le budget. Il a aussi la possibilité de le rejeter.

►         Pouvoir de contrôle : le Parlement contrôle l’exécution des programmes communautaires par la Commission et la bonne marche des politiques européennes.

Le Parlement européen examine aussi les pétitions des citoyens de l’Union et détient le pouvoir de nommer des commissions d’enquête, en cas d’infractions ou de mauvaise application du droit communautaire par les États membres. Enfin, il lui revient d’approuver le collège des Commissaires avant que celui-ci puisse entrer en fonction.

Depuis le 1er février 2020, suite au Brexit, le Parlement européen ne compte plus que 705 députés (contre 751 auparavant), certains sièges ayant été redistribués à d’autres pays et d’autres restant vacants en prévision d’éventuels élargissements de l’UE.

Le Parlement tient des sessions plénières une fois par mois à Strasbourg, qui est son siège légal, mais des sessions additionnelles, dites « mini-sessions » ont aussi lieu à Bruxelles. ​Pour préparer le travail du Parlement européen en session plénière, les députés se répartissent en commissions permanentes, chacune spécialisée dans des domaines particuliers. Ces commissions sont au nombre de 20 et se réunissent une ou deux fois par mois à Bruxelles pour examiner les propositions de la Commission et du Conseil et, s'il y a lieu, rédiger un rapport qui sera présenté à la séance plénière. Leurs débats y sont publics. Pour les sujets Euratom, ce sont essentiellement les commissions ITRE (commission de l’industrie, de la recherche et de l’énergie) et ENVI (commission de l'environnement, de la santé publique et de la sécurité alimentaire) qui sont concernées.

Enfin, si la procédure législative ordinaire prévue par le TFUE repose sur la codécision entre Conseil et Parlement, le traité Euratom prévoit, quant à lui, une procédure de consultation. La Commission adresse sa proposition à la fois au Conseil et au Parlement, les deux institutions peuvent étudier la proposition de la Commission et proposer des modifications, mais seul le Conseil dispose du pouvoir effectif d’adoption ou de rejet des textes étudiés.